Le scénario se déroule trois ans après les évènements de Final Fantasy VII. Depuis peu, un groupe de soldats nommé
Deep Ground commence à semer la panique à Midgar. Enterrés dans les profondeurs de la ville depuis la chute du météore
, ils se décident finalement à passer à l'offensive. Vincent Valentine, membre de l'AVALANCHE et ancien membre des Turks, ayant combattu Sephiroth aux côtés de Cloud il y a 3 ans, semble lié d'une certaine manière à ces attaques. Lui seul peut maintenant libérer le monde de cette menace.